2013
Spółka "Koleje Małopolskie" sp. z o.o została powołana na podstawie Uchwały nr XLIV/705/13 Sejmiku Województwa Małopolskiego z dnia 2 grudnia 2013 roku w sprawie powołania jednoosobowej spółki Województwa Małopolskiego oraz zgodnie z Uchwałą Nr 1518/13 Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 10 grudnia 2013 roku.
2014
W celu realizacji powierzonych zadań w dniu 23 czerwca 2014 roku Spółka pozyskała licencję na wykonywanie przewozów kolejowych osób Nr WPO/236/2014, stając się tym samym licencjonowanym przewoźnikiem.
2014
14 grudnia 2014 r. Koleje Małopolskie rozpoczęły regularną obsługę linii Kraków Główny – Wieliczka Rynek-Kopalnia. Na tory wyjechało sześć nowoczesnych pociągów Acatus Plus, które na potrzeby SKA kupiło Województwo Małopolskie.
2015
28 września 2015 r. Koleje Małopolskie uruchomiły połączenie na trasie Wieliczka Rynek-Kopalnia – Kraków Główny – Kraków Lotnisko.
2015
13 grudnia 2015 r. rozpoczęto regularną obsługę linii Kraków Główny - Miechów – Sędziszów. Tego dnia przekazano także Kolejom Małopolskim pojazdy typu Pesa Acatus II.
2016
W lipcu 2016 r. Koleje Małopolskie zaangażowały się w organizację Światowych Dni Młodzieży w Krakowie. Pielgrzymi i wolontariusze mogli podróżować bezpłatnie pociągami KMŁ w ramach pakietu pielgrzyma. Podczas tygodnia, w którym odbywały się ŚDM w Krakowie samorządowy przewoźnik obsłużył 332 tys. pasażerów (o prawie 260 proc. więcej niż w ciągu zwykłego tygodnia). Na trasach obsługiwanych przez Koleje Małopolskie każdego dnia kursowało 175 składów.
2016
28 listopada 2016 r. na stacji Nowy Sącz odbyła się oficjalna prezentacja pierwszych 6 nowych pojazdów typu NEWAG Impuls zamówionych przez Województwo Małopolskie dla Kolei Małopolskich.
2016
11 grudnia 2016 r. Koleje Małopolskie rozpoczęły obsługę trzeciej linii Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej z Krakowa Głównego do Tarnowa oraz połączenia do Nowego Sącza i Krynicy-Zdroju.
2017
10 sierpnia 2017 r. Koleje Małopolskie przewiozły 10-milionowego Pasażera. W ciągu pierwszych szczęściu miesięcy 2017 r. roku liczba osób korzystających z usług Kolei Małopolskich przekroczyła 2,8 mln. To o 42% więcej niż w tym samym okresie 2016 r.
2017
2 października 2017 r. Koleje Małopolskie zainaugurowały weekendowe połączenia Kraków Główny - Jasło.
2019
27 marca 2019 r. Koleje Małopolskie przewiozły 20-milonowego pasażera.
2021
17 sierpnia 2021 r. odebrano nowe pojazdy typu Pesa Elf 2. Pojazdy posiadają 200 miejsc siedzących, a dodatkowo wyposażone są m.in. w klimatyzację, WiFi, miejsce na rowery oraz udogodnienia dla osób z niepełnosprawnościami (toaleta dla niepełnosprawnych, winda, rampa oraz pętla indukcyjna dla osób z dysfunkcją słuchu) i rodzin z dziećmi (przewijak dla niemowląt, bezstopniowe przejścia międzyczłonowe).
2021
29 września 2021 r. odebrano nowe pojazdy typu Newag Impuls 2. Impulsy 2 to czteroczłonowe składy, które w podróż mogą zabrać 473 osoby na miejscach siedzących i stojących. Maksymalna prędkość obu typów pojazdów to 160 km/h. Cechą charakterystyczną wszystkich nowych pojazdów będzie układ przestrzeni pasażerskiej typu metro w środkowych członach.
2021
12 grudnia 2021 r., po blisko 4 latach przerwy, Koleje Małopolskie wznowiły kursowanie do Skawiny. Uruchomionych zostało aż 38 nowych kursów.
2022
21 czerwca 2022 r. Koleje Małopolskie przewiozły 35-milonowego pasażera.
2023
16 stycznia 2023 r. odbyło się uroczyste otwarcie Punktu Techniczno-Eksploatacyjnego w Krakowie.
2023
21 grudnia 2023 r. odebrano 7 nowych autobusów hybrydowych przekazanych przez Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego. Nowoczesne pojazdy wsparły flotę Małopolskich Linii Dowozowych. Autobusy Iveco Crossway 12 LE Line Hybrid wyposażone są w 45 miejsc siedzących + 2 miejsca uchylane dla pasażerów, wysokie fotele o ergonomicznym kształcie, miejsce przeznaczone na wózek inwalidzki lub dziecięcy, dodatkowe oświetlenie obszaru drzwi, ułatwiające wsiadanie i wysiadanie na nieoświetlonych przystankach, system wizualnej oraz głosowej informacji pasażerskiej i system monitoringu, układ drzwi: 1-2-0 oraz ładowarki USB dla pasażerów. Projekt ten finansowany jest w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020 oraz w ramach reakcji Unii na pandemię COVID-19.
2023
Od 10 grudnia 2023 r. Koleje Małopolskie kursują do Oświęcimia również przez Skawinę.
2024
1 marca 2024 r. odbyło się uroczyste otwarcie Centrum Obsługi Klienta (COK) Kolei Małopolskich na Dworcu Kolejowym Kraków Główny PKP. COK jest kompleksowym miejscem, gdzie podróżny uzyska pełną wiedzę na temat planowanych podróży.
