2013
Spółka "Koleje Małopolskie" sp. z o.o została powołana na podstawie Uchwały nr XLIV/705/13 Sejmiku Województwa Małopolskiego z dnia 2 grudnia 2013 roku w sprawie powołania jednoosobowej spółki Województwa Małopolskiego oraz zgodnie z Uchwałą Nr 1518/13 Zarządu Województwa Małopolskiego z dnia 10 grudnia 2013 roku.
2014
W celu realizacji powierzonych zadań w dniu 23 czerwca 2014 roku Spółka pozyskała licencję na wykonywanie przewozów kolejowych osób Nr WPO/236/2014, stając się tym samym licencjonowanym przewoźnikiem.
2014
14 grudnia 2014 r. Koleje Małopolskie rozpoczęły regularną obsługę linii Kraków Główny – Wieliczka Rynek-Kopalnia. Na tory wyjechało sześć nowoczesnych pociągów Acatus Plus, które na potrzeby SKA kupiło Województwo Małopolskie.
2015
28 września 2015 r. Koleje Małopolskie uruchomiły połączenie na trasie Wieliczka Rynek-Kopalnia – Kraków Główny – Kraków Lotnisko.
2015
13 grudnia 2015 r. rozpoczęto regularną obsługę linii Kraków Główny - Miechów – Sędziszów. Tego dnia przekazano także Kolejom Małopolskim pojazdy typu Pesa Acatus II.
2016
W lipcu 2016 r. Koleje Małopolskie zaangażowały się w organizację Światowych Dni Młodzieży w Krakowie. Pielgrzymi i wolontariusze mogli podróżować bezpłatnie pociągami KMŁ w ramach pakietu pielgrzyma. Podczas tygodnia, w którym odbywały się ŚDM w Krakowie samorządowy przewoźnik obsłużył 332 tys. pasażerów (o prawie 260 proc. więcej niż w ciągu zwykłego tygodnia). Na trasach obsługiwanych przez Koleje Małopolskie każdego dnia kursowało 175 składów.
2016
28 listopada 2016 r. na stacji Nowy Sącz odbyła się oficjalna prezentacja pierwszych 6 nowych pojazdów typu NEWAG Impuls zamówionych przez Województwo Małopolskie dla Kolei Małopolskich.
2016
11 grudnia 2016 r. Koleje Małopolskie rozpoczęły obsługę trzeciej linii Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej z Krakowa Głównego do Tarnowa oraz połączenia do Nowego Sącza i Krynicy-Zdroju.
2017
10 sierpnia 2017 r. Koleje Małopolskie przewiozły 10-milionowego Pasażera. W ciągu pierwszych szczęściu miesięcy 2017 r. roku liczba osób korzystających z usług Kolei Małopolskich przekroczyła 2,8 mln. To o 42% więcej niż w tym samym okresie 2016 r.
2017
2 października 2017 r. Koleje Małopolskie zainaugurowały weekendowe połączenia Kraków Główny - Jasło.
2019
27 marca 2019 r. Koleje Małopolskie przewiozły 20-milonowego pasażera.
2021
17 sierpnia 2021 r. odebrano nowe pojazdy typu Pesa Elf 2. Pojazdy posiadają 200 miejsc siedzących, a dodatkowo wyposażone są m.in. w klimatyzację, WiFi, miejsce na rowery oraz udogodnienia dla osób z niepełnosprawnościami (toaleta dla niepełnosprawnych, winda, rampa oraz pętla indukcyjna dla osób z dysfunkcją słuchu) i rodzin z dziećmi (przewijak dla niemowląt, bezstopniowe przejścia międzyczłonowe).
2021
29 września 2021 r. odebrano nowe pojazdy typu Newag Impuls 2. Impulsy 2 to czteroczłonowe składy, które w podróż mogą zabrać 473 osoby na miejscach siedzących i stojących. Maksymalna prędkość obu typów pojazdów to 160 km/h. Cechą charakterystyczną wszystkich nowych pojazdów będzie układ przestrzeni pasażerskiej typu metro w środkowych członach.
2021
12 grudnia 2021 r., po blisko 4 latach przerwy, Koleje Małopolskie wznowiły kursowanie do Skawiny. Uruchomionych zostało aż 38 nowych kursów.
2022
21 czerwca 2022 r. Koleje Małopolskie przewiozły 35-milonowego pasażera.
2023
16 stycznia 2023 r. odbyło się uroczyste otwarcie Punktu Techniczno-Eksploatacyjnego w Krakowie.
